此次的叛乱，虽说是由永宁宣慰司奢崇明挑头而起，但实际上他还煽动或胁迫了众多土司一同参与其中。随着奢崇明的战败，许多原本跟随他的土司如惊弓之鸟般匆忙逃离了自己的领地，留下一片混乱和狼藉。

这一局面恰好给了朱燮元一个绝佳的机会——撤销那些存在已久的宣慰司和宣抚司，并着手设立新的府和县。面对这一变革，众多持观望态度的土司们瞪大了眼睛，眼睁睁地看着朱燮元如同一位果断决绝的勇士，左手高举象征和平与招安的大萝卜，右手紧握着锋利无比的大刀，毫不留情地斩断了千百年来中央政府与他们之间那种微妙的统治关系。

曾经的默契正在一点点地破碎，消散于无形之中。然而，朱燮元深知稳定局势的重要性，他明白不能让这些土司心生恐惧和抵触情绪。于是，他不辞辛劳地奔走于各个土司部落之间，耐心倾听他们的忧虑和诉求，用温和亲切的话语不断安抚着他们躁动不安的心。

他一边不断的和这些土司们宣贯着朝廷的新政，以示安抚。另一边又不断的挖掘这些土司的墙角，蛊惑着失地土民或者奴隶们，逃离原有土司的麾下，去往那些刚刚设立的府县，在那里，无尽的土地在等待着他们开垦。对于拥有自己的一亩三分地的土民或者奴隶来说，诱惑实在是太大了，于是他们纷纷连夜逃离牢笼，去往官府给他们划归的府县。

看着自己的奴隶和土民纷纷逃离自己的统治，一些不甘失去劳动力的土司要么冲冠一怒举兵抗议，要么亲自带人抓捕那些逃离的人。对于这些不配合的土司，朱燮元自然不会客气，他大手一挥，数千精锐官兵高举砍刀，轻而易举的就瓦解了这些土司的统治。

前线数万官兵在不断的收复失地，后方的总督朱燮元则不断的瓦解土司的统治，整个川东几乎乱成了一锅粥。

一些与土司牵连甚广的官员们也曾上书弹劾朱燮元，但无一例外都被朝廷撤职或者调任其他地方。失去了掣肘，朱燮元更加信心百倍的投入了这场民族大融合的舞台上。

大乱之后，必有大治，这是亘古不变的道理。