孙健等人乘坐天枢战车穿越时空裂缝，来到百慕大三角上空。悬浮在太空中的水晶立方体图书馆散发着彩虹光晕，其表面流动着人类文明的时间长河。当战车穿过外层能量屏障时，孙健发现图书馆的每个面都显示着不同文明的灭亡场景。

“这是时空悖论的具象化。”李娜的声音带着颤抖，“每个面都在演示如果某个文明被黑袍人篡改后的结局。”苏小宝调出量子计算机，发现图书馆正在吸收地球的文明波动，而黑袍人残留的量子印记正试图污染这些数据。

在图书馆核心，他们遇到了被困的量子态科学家群体。牛顿的虚影正在对抗由黑暗能量构成的“反文明病毒”，他的《自然哲学的数学原理》手稿在空中燃烧，化作抵御病毒的防火墙。“这些病毒会将文明成果逆转为武器。”牛顿解释道，“就像将微积分公式变成量子武器的设计图。”

孙健将星辰之泪碎片嵌入核心控制台，图书馆突然展开成四维结构。众人看到无数分支时空的咸阳城：有的被机械军队占领，有的沦为废墟，有的成为科技乌托邦。扶苏发现其中一个时空的咸阳城正在遭受黑洞吞噬，而罪魁祸首竟是被篡改的张衡地动仪。

孙大宝突然收到来自秦朝的紧急通讯，画面中蒙恬正在秦始皇陵与黑袍人余孽战斗。“他们在重启‘天崩地裂’机关！”蒙恬的声音带着金属颤音，“这是始皇帝留下的终极防御系统，能将整个关中平原沉入地核。”

四人立刻赶回秦朝，发现地宫深处的青铜巨鼎正在逆向旋转，鼎身刻着的二十八宿星图与现代卫星轨道同步。孙健将永恒之眼插入鼎心，发现黑袍人竟用兵马俑的战魂能量驱动机关。“必须同时关闭三个时代的能量源！”扶苏喊道，“秦朝的鼎、汉朝的浑天仪、现代的粒子对撞机！”

在汉朝战场，李娜和张衡操控浑天仪对准北斗七星。当浑天仪的铜球与现代粒子对撞机同步时，两道能量束在咸阳上空交织成太极图案。黑袍人的机械军队在能量场中分解成原子，而秦始皇陵的青铜鼎也停止了旋转。

“我们创造了文明保护罩。”苏小宝展示着量子计算机的模拟结果，“这个罩子能自动修复被篡改的历史节点。”孙健看着地动仪显示的时空波纹，发现所有被黑袍人污染的时空线都在回归正轨。

当他们准备返回现代，永恒之眼突然发出刺耳警报。孙健看到一个从未见过的时空裂缝正在吞噬图书馆，裂缝中浮现出黑袍人首领的终极形态——他已融合了所有时空线的能量，成为“反文明之神”。

“你们以为封印我就能阻止文明毁灭？”首领的声音充满整个空间，“我就是文明进化的必然代价！”他的身体开始分解成反物质粒子，所到之处文明成果灰飞烟灭。